##
##
compile: \
ereg \
greg \
estp \
prof \
hlog \
igor \
ptra \
rcyc \
initcar \
seqformat \
ionstate \
edoc
##
##
ereg: Output_Streams.o ereg.o
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 -o ereg
##
##
greg: Output_Streams.o greg.o
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 -o greg
##
##
estp: Output_Streams.o estp.o
	g++ -L/home/mike/enviro/LAPACK/lib -llapack -lcblas -lf77blas -latlas estp.o \
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../def/def_setps.o \
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 -o estp
##
##
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 -o prof
##
##
hlog: Output_Streams.o hlog.o
	g++ -L/home/mike/enviro/LAPACK/lib -llapack -lcblas -lf77blas -latlas hlog.o \
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 -o hlog
##
##
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../dom/dom_reform.o \
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../fil/Search_Subspace.o \
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../hom/scr.o \
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../hom/ali_sub.o \
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../hom/sub_bse.o \
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../med/med_dot.o \
../med/med_bse.o \
../med/med_sig.o \
../med/med_func.o \
../med/med_dotrot.o \
../med/med_dottrans.o \
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../med/med_bdotsec.o \
../med/med_cdotsec.o \
../med/med_switch.o \
../med/med_buried.o \
../med/defect_olp.o \
../med/defect_cnf.o \
../med/defect_flag.o \
../med/defect_cav.o \
../med/defect_mol.o \
../med/defect_surf.o \
../med/defect_ehp.o \
../med/defect_bchg.o \
../med/defect_chg.o \
../med/defect_hbnd.o \
../med/defect_ssp.o \
../med/defect_con.o \
../med/defect_stp.o \
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../mov/mov2.o \
../mov/mov0_mov.o \
../mov/mov1_mov.o \
../mov/mov5_backup.o \
../mov/mov2_backup.o \
../mov/mov4_backup.o \
../mov/lag_gradient.o \
../mov/mov5_target_beta.o \
../mov/mov2_target_beta.o \
../mov/mov4_target_beta.o \
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../phi/phi_wm.o \
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../phi/phi_o8.o \
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../phi/phi_p.o \
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../phi/phi3_g.o \
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../phi/phie_restch.o \
../phi/phie_e1.o \
../phi/phie_e.o \
../phi/phie_resh.o \
../phi/phie_me.o \
../phi/phie_t1d.o \
../phi/phie_t2d.o \
../phi/phie_c.o \
../phi/phie_pwm.o \
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../phi/phi1_rexp.o \
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../tra/tra_enq_resh.o \
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../tra/tra_ene_part.o \
../tra/tra_enq_t1d.o \
../tra/tra_enq_t2d.o \
../tra/tra_enq_c.o \
../tra/tra_enq_pwm.o \
../tra/tra_enq_e1wm.o \
../tra/tra_enq_wm.o \
../tra/tra_enq_e2.o \
../tra/tra_enq_o2.o \
../tra/tra_enq_e1p.o \
../tra/tra_enq_p.o \
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../tra/tra_enq_o9.o \
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../tra/tra_enq_g.o \
../tra/tra_ene_g.o \
../tra/tra_enq_a.o \
../tra/tra_ene_a.o \
../tra/tra_lop.o \
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../tra/tra_loq_initlamda.o \
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../tra/tra_enp.o \
../tra/tra_stp.o \
../tra/tra_stp_olp.o \
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../tra/tra_stp_chg.o \
../tra/tra_stp_hbnd.o \
../tra/tra_stp_ssp.o \
../tra/tra_stp_stp.o \
 -o igor
##
##
ptra: Output_Streams.o Ptra_Automatic.o ptra.o
	g++ -L/home/mike/enviro/LAPACK/lib -llapack -lcblas -lf77blas -latlas ptra.o \
../str/Ptra_Automatic.o \
../con/con.o \
../con/con_q2.o \
../con/con_f2.o \
../con/con_bpair.o \
../con/con_apair.o \
../con/con_e1.o \
../con/con_f.o \
../con/con_write.o \
../dat/DAT_ARRAY_CONSTS.o \
../dat/DAT_DEFORM_PARAMS.o \
../dat/DAT_DISULFIDE_LINKS.o \
../dat/DAT_ENERGY_PARAMS.o \
../dat/DAT_IGOR_DATA.o \
../dat/DAT_PHYSICS_CONSTS.o \
../dat/DAT_REGION_MAPS.o \
../dat/DAT_RESIDUE_MAPPINGS.o \
../def/def.o \
../def/def_setx1.o \
../def/def_disce.o \
../def/def_setx2.o \
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../def/def_disct.o \
../def/def_sett4.o \
../def/def_setth.o \
../def/def_setx4.o \
../def/def_discp.o \
../def/def_setx5.o \
../def/def_setsg.o \
../def/def_setps.o \
../def/def_zero.o \
../def/def_zero_c3.o \
../def/def_sort.o \
../def/def_segpt.o \
../def/def_dev18.o \
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../deg/deg.o \
../dom/Domain_Definitions.o \
../dom/dom_reform.o \
../dst/dst.o \
../fil/Structure.o \
../fil/Search_Subspace.o \
../fil/Trajectory.o \
../fil/Family.o \
../fil/reform.o \
../fil/polarh.o \
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../fil/sta.o \
../fil/fil2seq.o \
../fil/fil2tor.o \
../fil/fil2car.o \
../fil/fil2cha.o \
../fil/fil2stp.o \
../fil/seq2fil.o \
../fil/tor2fil.o \
../fil/car2fil.o \
../fil/str2tra.o \
../fil/tra2str.o \
../fil/str2fam.o \
../fil/fam2str.o \
../fil/unionsc.o \
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../fil/pckstp.o \
../fil/cycstp.o \
../fil/mechsys.o \
../glo/Glo_Automatic.o \
../glo/Backbone_Defs.o \
../glo/Ising_Model.o \
../glo/glo.o \
../glo/glo_q2.o \
../glo/glo_u2.o \
../glo/glo_f2.o \
../glo/glo_a5.o \
../glo/glo_def.o \
../glo/glo_bbpck.o \
../glo/glo_scpck.o \
../glo/glo_chi.o \
../glo/glo_wrt.o \
../glo/glo_step.o \
../glo/glo_def2str.o \
../hom/Homolog_Model.o \
../hom/scr.o \
../hom/ali.o \
../hom/ali_tem.o \
../hom/ali_sub.o \
../hom/ali_def.o \
../hom/sub.o \
../hom/sub_bse.o \
../hom/sub_bbpck.o \
../hom/sub_usc.o \
../hom/sub_gen.o \
../hom/sub_grp.o \
../hom/sub_scpck.o \
../igo/igo.o \
../igo/igo_ehash.o \
../igo/igo_rload.o \
../igo/igo_rload_1.o \
../igo/igo_rprob.o \
../igo/igo_uload.o \
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../igo/igo_bhash.o \
../igo/igo_2traj.o \
../igo/igo_gseq.o \
../igo/igo_gloadb.o \
../igo/igo_gloadb_1.o \
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../igo/igo_gloade.o \
../igo/igo_sco1.o \
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../igo/igo_step.o \
../igo/igo_3traj.o \
../igo/igo_3traj_b.o \
../igo/igo_sco3.o \
../igo/igo_sco3_e.o \
../igo/igo_sco3_e1.o \
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../igo/igo_sco3_edoc.o \
../igo/igo_sco3_epck.o \
../igo/igo_sco3_epen.o \
../igo/igo_sco3_evis.o \
../igo/igo_sco3_optv.o \
../igo/igo_sco3_optw.o \
../igo/igo_sco3_w.o \
../igo/igo_sco3_w1.o \
../igo/igo_sco3_w2.o \
../igo/igo_sco3_w1doc.o \
../igo/igo_sco3_w2doc.o \
../igo/igo_sco3_wolp.o \
../igo/igo_sco3_wpol.o \
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../loc/loc_u2.o \
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../med/med.o \
../med/defect.o \
../med/Dielec_Continu.o \
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../med/med_torus.o \
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../mov/mov2.o \
../mov/mov0_mov.o \
../mov/mov1_mov.o \
../mov/mov5_backup.o \
../mov/mov2_backup.o \
../mov/mov4_backup.o \
../mov/lag_gradient.o \
../mov/mov5_target_beta.o \
../mov/mov2_target_beta.o \
../mov/mov4_target_beta.o \
../mov/mov_initial_lamda.o \
../mov/mov4_initial_lamda.o \
../mov/lag_diagonal.o \
../mov/lag_lower.o \
../mov/lag_step.o \
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../mov/wrt1.o \
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../pck/pck.o \
../pck/pck_2bod.o \
../pck/pck_nbod.o \
../pck/pck_ndoc.o \
../pck/pck_f.o \
../pck/pck_sphere.o \
../pck/pck_ico.o \
../pck/pck_mol.o \
../pck/pck_surf.o \
../pck/pck_ehp.o \
../pck/pck_vis.o \
../phi/Coordinates.o \
../phi/Rotation_Matrix.o \
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../phi/phi_me.o \
../phi/phi_part.o \
../phi/phi_t1d.o \
../phi/phi_t2d.o \
../phi/phi_c.o \
../phi/phi_pwm.o \
../phi/phi_e1_wm.o \
../phi/phi_wm.o \
../phi/phi_e8.o \
../phi/phi_o8.o \
../phi/phi_e1_p.o \
../phi/phi_p.o \
../phi/phi_part1.o \
../phi/phi_e9.o \
../phi/phi_o9.o \
../phi/phi_cont.o \
../phi/phi_g.o \
../phi/phi_a.o \
../phi/qfac.o \
../phi/phi3.o \
../phi/phi3_xq.o \
../phi/phi3_restch.o \
../phi/phi3_d.o \
../phi/phi3_g.o \
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../phi/phie.o \
../phi/phie_restch.o \
../phi/phie_e1.o \
../phi/phie_e.o \
../phi/phie_resh.o \
../phi/phie_me.o \
../phi/phie_t1d.o \
../phi/phie_t2d.o \
../phi/phie_c.o \
../phi/phie_pwm.o \
../phi/phie_gp.o \
../phi/phi0_hbnd.o \
../phi/phi0_rexp.o \
../phi/phi0_r.o \
../phi/phi0.o \
../phi/phi1_hbnd.o \
../phi/phi1_rexp.o \
../phi/phi1_r.o \
../phi/phi1_e2.o \
../phi/phi1_o2.o \
../phi/phi1.o \
../phi/phi1_dchi.o \
../phi/phid.o \
../phi/phid_x.o \
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../reg/reg.o \
../reg/reg_phi.o \
../set/set.o \
../set/set_q1.o \
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../set/set_q3.o \
../set/set_e0.o \
../set/set_pass.o \
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../set/set_dist.o \
../set/set_write.o \
../set/car.o \
../shf/shf.o \
../shf/shf_sco.o \
../str/Output_Streams.o \
../sup/sup.o \
../sup/Kabsch_Rotation.o \
../sup/sup_project.o \
../sup/paircnf.o \
../tra/Energy_Surf.o \
../tra/tra_enq.o \
../tra/tra_enq_xq.o \
../tra/tra_enq_wpar.o \
../tra/tra_enq_ppar.o \
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../tra/tra_enq_c.o \
../tra/tra_enq_pwm.o \
../tra/tra_enq_e1wm.o \
../tra/tra_enq_wm.o \
../tra/tra_enq_e2.o \
../tra/tra_enq_o2.o \
../tra/tra_enq_e1p.o \
../tra/tra_enq_p.o \
../tra/tra_enq_part1.o \
../tra/tra_enq_e9.o \
../tra/tra_enq_o9.o \
../tra/tra_enq_cont.o \
../tra/tra_enq_g.o \
../tra/tra_ene_g.o \
../tra/tra_enq_a.o \
../tra/tra_ene_a.o \
../tra/tra_lop.o \
../tra/tra_lop_backup.o \
../tra/tra_lop_update.o \
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../tra/tra_loq.o \
../tra/tra_loq_backup.o \
../tra/tra_loq_update.o \
../tra/tra_loq_wrt.o \
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../tra/tra_stp.o \
../tra/tra_stp_olp.o \
../tra/tra_stp_cnf.o \
../tra/tra_stp_cav.o \
../tra/tra_stp_mol.o \
../tra/tra_stp_surf.o \
../tra/tra_stp_ehp.o \
../tra/tra_stp_bchg.o \
../tra/tra_stp_chg.o \
../tra/tra_stp_hbnd.o \
../tra/tra_stp_ssp.o \
../tra/tra_stp_stp.o \
 -o ptra
##
##
rcyc: Output_Streams.o rcyc.o
	g++ -L/home/mike/enviro/LAPACK/lib -llapack -lcblas -lf77blas -latlas rcyc.o \
../con/con.o \
../con/con_q2.o \
../con/con_f2.o \
../con/con_bpair.o \
../con/con_apair.o \
../con/con_e1.o \
../con/con_f.o \
../con/con_write.o \
../dat/DAT_ARRAY_CONSTS.o \
../dat/DAT_DEFORM_PARAMS.o \
../dat/DAT_DISULFIDE_LINKS.o \
../dat/DAT_ENERGY_PARAMS.o \
../dat/DAT_IGOR_DATA.o \
../dat/DAT_PHYSICS_CONSTS.o \
../dat/DAT_REGION_MAPS.o \
../dat/DAT_RESIDUE_MAPPINGS.o \
../def/def.o \
../def/def_setx1.o \
../def/def_disce.o \
../def/def_setx2.o \
../def/def_setx3.o \
../def/def_disct.o \
../def/def_sett4.o \
../def/def_setth.o \
../def/def_setx4.o \
../def/def_discp.o \
../def/def_setx5.o \
../def/def_setsg.o \
../def/def_setps.o \
../def/def_zero.o \
../def/def_zero_c3.o \
../def/def_sort.o \
../def/def_segpt.o \
../def/def_dev18.o \
../def/def_clust.o \
../deg/deg.o \
../dom/Domain_Definitions.o \
../dom/dom_reform.o \
../dst/dst.o \
../fil/Structure.o \
../fil/Search_Subspace.o \
../fil/Trajectory.o \
../fil/Family.o \
../fil/reform.o \
../fil/polarh.o \
../fil/tor.o \
../fil/sta.o \
../fil/fil2seq.o \
../fil/fil2tor.o \
../fil/fil2car.o \
../fil/fil2cha.o \
../fil/fil2stp.o \
../fil/seq2fil.o \
../fil/tor2fil.o \
../fil/car2fil.o \
../fil/str2tra.o \
../fil/tra2str.o \
../fil/str2fam.o \
../fil/fam2str.o \
../fil/unionsc.o \
../fil/docstp.o \
../fil/pckstp.o \
../fil/cycstp.o \
../fil/mechsys.o \
../glo/Glo_Automatic.o \
../glo/Backbone_Defs.o \
../glo/Ising_Model.o \
../glo/glo.o \
../glo/glo_q2.o \
../glo/glo_u2.o \
../glo/glo_f2.o \
../glo/glo_a5.o \
../glo/glo_def.o \
../glo/glo_bbpck.o \
../glo/glo_scpck.o \
../glo/glo_chi.o \
../glo/glo_wrt.o \
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##
##
initcar: Output_Streams.o initcar.o
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../hom/ali_def.o \
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 -o initcar
##
##
seqformat: Output_Streams.o seqformat.o
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 -o seqformat
##
##
ionstate: Output_Streams.o Ionstate_Automatic.o ionstate.o
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##
##
edoc: Output_Streams.o edoc.o
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../phi/phie_e.o \
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../tra/tra_enq_p.o \
../tra/tra_enq_part1.o \
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../tra/tra_enq_cont.o \
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 -o edoc
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##
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	g++ -O3 -c rcyc.cc
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##
clean:
	rm \
Output_Streams.o \
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Ptra_Automatic.o \
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##
##
